MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lactobacillus salivarius CECT 5713 plasmid pHN1

Total Repeats: 386

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017479	TCA	2	6	50	55	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017479	TGA	2	6	83	88	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017479	TTA	2	6	122	127	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017479	TTC	2	6	196	201	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017479	GGA	2	6	235	240	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017479	CAA	2	6	295	300	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017479	CAT	2	6	363	368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017479	TGGT	2	8	433	440	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017479	CTTG	2	8	456	463	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017479	CAT	2	6	501	506	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017479	TCA	2	6	572	577	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017479	GCCG	2	8	610	617	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_017479	GCT	2	6	638	643	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017479	CCG	2	6	668	673	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_017479	GGC	2	6	700	705	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017479	CGC	2	6	722	727	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_017479	GC	3	6	726	731	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_017479	TCG	2	6	783	788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017479	TGAT	2	8	796	803	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017479	ATG	2	6	809	814	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017479	TCAA	2	8	845	852	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_017479	AAT	2	6	868	873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017479	ATTC	2	8	969	976	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017479	ACC	2	6	1034	1039	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_017479	CGG	2	6	1085	1090	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017479	GTA	2	6	1135	1140	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017479	TTTA	2	8	1256	1263	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017479	GCA	2	6	1283	1288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017479	ATG	2	6	1297	1302	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017479	CTC	2	6	2018	2023	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_017479	AACTC	2	10	2038	2047	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017479	AT	3	6	2196	2201	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017479	ATA	2	6	2243	2248	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017479	GAAA	3	12	2264	2275	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017479	TAAC	2	8	2320	2327	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_017479	TGAG	2	8	2342	2349	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017479	AGTA	2	8	2356	2363	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017479	AAG	2	6	2364	2369	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017479	CTT	2	6	2380	2385	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017479	CCG	2	6	2495	2500	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_017479	TAA	2	6	2561	2566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017479	T	6	6	2567	2572	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017479	TTA	2	6	2602	2607	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017479	CAG	2	6	2619	2624	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017479	CAAT	2	8	2643	2650	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017479	TGA	2	6	2666	2671	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017479	CAT	2	6	2814	2819	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017479	AAG	2	6	2937	2942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017479	GAC	2	6	2997	3002	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017479	TTTA	2	8	3068	3075	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017479	TGT	2	6	3092	3097	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017479	GTC	2	6	3142	3147	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017479	CGT	2	6	3191	3196	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_017479	ACT	2	6	3253	3258	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017479	GCT	2	6	3281	3286	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017479	AGA	2	6	3343	3348	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017479	AATTT	2	10	3388	3397	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017479	AT	3	6	3425	3430	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017479	ATA	2	6	3472	3477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017479	TAAA	2	8	3511	3518	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017479	TC	3	6	4446	4451	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017479	GGTT	2	8	4969	4976	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017479	AGA	2	6	5062	5067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017479	CAAT	2	8	5114	5121	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017479	TGA	2	6	5137	5142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017479	CAT	2	6	5285	5290	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017479	AAG	2	6	5408	5413	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017479	GAC	2	6	5468	5473	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017479	TTTA	2	8	5539	5546	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017479	TGT	2	6	5563	5568	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017479	GTC	2	6	5613	5618	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017479	CGT	2	6	5662	5667	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017479	ACT	2	6	5724	5729	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017479	GCT	2	6	5752	5757	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017479	AGA	2	6	5816	5821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017479	TAAGCT	2	12	5828	5839	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017479	AATTT	2	10	5861	5870	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017479	T	7	7	5982	5988	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017479	TAT	2	6	6064	6069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017479	TAG	3	9	6077	6085	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017479	ATA	2	6	6097	6102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017479	TTA	2	6	6139	6144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017479	CTA	2	6	6154	6159	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017479	ACT	2	6	6190	6195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017479	ATG	2	6	6208	6213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017479	AGC	3	9	6251	6259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017479	AAC	2	6	6274	6279	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017479	CTT	2	6	6288	6293	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017479	AGA	2	6	6311	6316	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017479	TGA	2	6	6371	6376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017479	ATT	2	6	6400	6405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017479	ATT	2	6	6512	6517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017479	GAT	2	6	6569	6574	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017479	GCA	2	6	6646	6651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017479	AAAT	2	8	6660	6667	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017479	CAA	2	6	6691	6696	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017479	A	6	6	6737	6742	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017479	AAG	2	6	6764	6769	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017479	TAA	2	6	6939	6944	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017479	T	6	6	6982	6987	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017479	ATTT	2	8	7023	7030	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017479	T	6	6	7101	7106	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017479	A	6	6	7148	7153	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017479	TAT	2	6	7170	7175	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017479	CAT	2	6	7188	7193	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017479	AAT	2	6	7198	7203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017479	GCC	2	6	7223	7228	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_017479	TCAG	2	8	7268	7275	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017479	TCT	2	6	7290	7295	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017479	GCC	2	6	7316	7321	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_017479	GTT	2	6	7406	7411	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017479	CTTT	2	8	7438	7445	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_017479	A	6	6	7486	7491	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017479	CAT	2	6	7508	7513	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017479	AGG	2	6	7540	7545	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017479	AAT	2	6	7557	7562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017479	TGC	2	6	7569	7574	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017479	AGG	2	6	7581	7586	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017479	TATGA	2	10	8379	8388	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017479	A	7	7	8392	8398	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017479	A	6	6	8599	8604	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017479	A	6	6	8656	8661	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017479	GAT	2	6	8672	8677	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017479	ATA	2	6	8778	8783	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017479	TCT	2	6	8861	8866	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017479	CTAAA	2	10	8939	8948	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017479	AAC	2	6	8957	8962	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017479	TGT	2	6	9214	9219	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017479	A	6	6	9228	9233	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017479	TAT	2	6	9333	9338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017479	CAAAT	2	10	9343	9352	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017479	CT	3	6	9363	9368	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_017479	GT	3	6	9380	9385	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017479	TAT	2	6	9407	9412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017479	CAA	2	6	9421	9426	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017479	ATT	2	6	9433	9438	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017479	A	7	7	10603	10609	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017479	GAC	2	6	10636	10641	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017479	TTG	2	6	10713	10718	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017479	AGCA	2	8	10756	10763	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_017479	AC	3	6	10808	10813	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_017479	ATC	2	6	10842	10847	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_017479	AAT	2	6	10885	10890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017479	AGG	2	6	10908	10913	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017479	AT	3	6	10939	10944	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017479	A	6	6	11751	11756	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017479	TTA	2	6	11787	11792	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017479	TTC	2	6	11858	11863	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_017479	T	6	6	12007	12012	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017479	GTT	2	6	12206	12211	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017479	TCT	2	6	12226	12231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_017479	T	6	6	12236	12241	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017479	CTT	2	6	12261	12266	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.